En Quijadas se han sucedido una serie de problemas ambientales en un sentido extenso del término. A partir de las medidas de control que ejerce la APN en la zona y las medidas de conservación y recuperación ambiental que está desarrollando el Gobierno Provincial, estos problemas han disminuido notablemente. No obstante, se citan a continuación solamente con el fin de que se tome conciencia de lo sucedido y se trate en el futuro de no reincidir.
Según el informe de la APN del año 1991, en áreas naturales áridas (como por ejemplo El Monte) así como en semiáridas (Chaco semiárido) muchos de los factores de degradación ambiental aceleran la desertización del lugar, seguida de la consecuente disminución del potencial productivo local. A su vez, dada la transición Chaco - Monte presente en Quijadas, la desertización (avance de los desiertos) generaliza condiciones ambientales mas áridas que favorecen a los componentes del Monte y retraen a los del Chaco. Entre los principales factores que afectaron la zona, se puede mencionar la deforestación por tala selectiva y desmonte que sufrieron los Departamentos de Ayacucho y Belgrano, afectando especies tales como el quebracho blanco y algarrobo, especies leñosas que son útiles para carbón vegetal, leña para hornos, parantes, postes, durmientes para vías ferroviarias, etc. Otros factores a destacar son el sobrepastoreo, la caza y la destrucción del hábitat de la fauna silvestre. Se ha podido constatar la caza del pecarí del collar, del mataco, de guanacos y cóndores.
Varios destrozos han sido producidos sobre el patrimonio geológico y paleontológico del lugar a partir de la ausencia de demarcación de circuitos en la zona, entre ellos se destaca la rotura y pérdida de niveles con trazas fósiles en la zona del Potrero de la Aguada. También se han detectado y denunciado excavaciones ilegales en la Formación Lagarcito.
Los restos y sitios arqueológicos también han sufrido deterioro, cuando se amplió el camino de acceso al Potrero de la Aguada en el año 1990. La empresa a cargo del trabajo arrasó con una decena de hornillos de la cultura Huarpe.

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