Respecto a los mamíferos, se reconocen especies como el quirquincho chico, conejo del palo y la laucha colilarga baya. Además, se pueden distinguir ambientes que poseen mamíferos asociados, tal es el caso de las zonas de médanos con el pichi ciego pampeano y el tuco-tuco mendocino, ambientes de terrenos salados y salinas con el gato montes, el cuis chico y el conejo del palo y el ambiente del monte con los pericotes y el quirquincho chico. En Quijadas y zonas vecinas se encontrarían unas 65 especies de mamíferos de las cuales 18 pudieron ser confirmadas.

De la totalidad, el área alberga tres especies que figuran en listados nacionales o internacionales de mamíferos en peligro de extinción, ellas son el pichi ciego pampeano, el gato moro y la rata vizcacha colorada. Otras poseen poblaciones muy presionadas o disminuidas a nivel nacional o provincial como las del gato del pajonal, el gato montés, el puma, el zorro colorado, el zorro pampa, el zorro gris chico, el guanaco, la corzuela, el pecarí del collar, el zorrino chico, el zorrino común y la mara, figurando todas (menos la mara) en listados de especies cuya comercialización está prohibida o regulada a nivel nacional y/o internacional.

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