El clima del área es árido serrano típicamente continental. Corresponde a una de las zonas de mayor aridez dentro del territorio provincial y se caracteriza por una acentuada amplitud térmica, tanto estacional como diaria. La estación meteorológica más cercana hasta 1996 estaba en la Ciudad de San Luis, donde personal de la APN recopiló la siguiente información meteorológica correspondiente al periodo 1961 y 1970: el promedio anual de temperaturas máximas es de 24,4° C y el de mínima 10,7° C, siendo la amplitud térmica media de 13,7° C. La temperatura media mensual máxima es de 31° C para el mes de julio. La temperatura absoluta máxima registrada fue de 41,4° y la mínima de 10,5° bajo cero. El valor promedio de la humedad relativa porcentual oscila entre 48% y 64% correspondiendo a los meses de agosto - septiembre y abril – mayo - junio, respectivamente. Los vientos predominantes vienen del sector sudoeste y llegan secos a la zona debido a la pérdida de humedad a su paso por la Cordillera de Los Andes.
Los vientos húmedos del nordeste ingresan al área luego de atravesar las Sierras de Córdoba y San Luis, aportando muy poca humedad. Los que provienen del este, llegan secos y con escasa frecuencia. La velocidad media anual de los vientos es de 12 km./h. habiéndose registrado una velocidad máxima de 47 km./h. Ocasionalmente se producen corrientes de aire ascendentes que levantan grandes masas de polvo. Las precipitaciones no sólo son escasas, sino que están irregularmente distribuidas. Existen dos estaciones: la seca durante el invierno y la húmeda desde fines de primavera a principios de otoño.
Los cambios climáticos globales debidos al recalentamiento de la masa oceánica del Pacífico que derivaron en lo que conocemos como Corriente del niño y sus derivados, han cambiado susceptiblemente el clima de la región transformándolo en más lluvioso y húmedo. A partir de 1996 la APN se hizo cargo del manejo de Quijadas, y en 1999 se instalaron dos pluviómetros, en Hualtarán y en la zona de acampe. Se adjuntan aquí los datos pluviométricos del año 1999 discriminados según los meses del año, esta información fue suministrada por el Guardaparque Pablo Collavino.
Si piensa visitar Quijadas, considere que entre octubre y abril suele ser caluroso, y algunos días no permiten realizar caminatas a la siesta debido al excesivo calor, por lo que una organización adecuada de la visita implica considerar el tipo de visita que quiere realizar, el tiempo necesario para ella y el horario que convenga de acuerdo al tipo de clima imperante en la época. Si la visita es en invierno, recuerde que suele helar por las noches y durante el día el sol calienta y permite pasear cómodamente.